Στη ΣΘΕΤ προσφέρονται τα παρακάτω μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών:
- Διαχείριση και Τεχνολογία Ποιότητας Msc (έως το 2015-2016 ονομαζόταν Διασφάλιση Ποιότητας Msc)
- Διαχείριση Αποβλήτων MSc
- Διαχείριση Τεχνικών Έργων MSc
- Σεισμική Μηχανική και Αντισεισμικές Κατασκευές MSc
- Προχωρημένες Σπουδές στη Φυσική MSc
- Κατάλυση και Προστασία του Περιβάλλοντος MSc (από το 2017-2018 θα ονομάζεται Περιβαλλοντική Κατάλυση για Αντιρρύπανση και Παραγωγή Καθαρής Ενέργειας)
Μεταπτυχιακές Σπουδές στα Μαθηματικά MSc - Μεταπτυχιακή Εξειδίκευση στα Πληροφοριακά Συστήματα MSc
Μεταπτυχιακή Ειδίκευση Καθηγητών Φυσικών Επιστημών MSc - Συστήματα Κινητού και Διάχυτου Υπολογισμού Msc (έως το 2015-2016 ονομαζόταν Τεχνολογία Υλικού και Λογισμικού: Σχεδίαση και Ανάπτυξη Διάχυτων Συστημάτων Υπολογισμού MSc)
- Βιοπληροφορική και Νευροπληροφορική (Διαπανεπιστημιακό Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών με Τμήμα Πληροφορικής Ιονίου Πανεπιστημίου)
